Il santuario "ebbe la sua origine in seguito ad una miracolosa apparizione che la Vergine SS. fece ad una pia giovinetta di Molare, chiamata Clarice. Un certo Cazzuli, pure di Molare, che a stento si reggeva sulle sue grucce, si trascinò sul luogo dell'apparizione ed ottenne la guarigione. Questo miracolo si diffuse largamente nel popolo, molti accorsero e ottennero grazie". Risalgono all'anno 1584 alcuni atti testamentari in cui, per la prima volta, si parla della devozione alla Madonna delle Rocche e di alcuni lasciti per la costruzione di una chiesa dedicata a Maria Santissima. Nel 1609 è attestato l'inizio della costruzione di una piccola cappella sul luogo dell'apparizione della Madonna. I lavori si protrassero per un certo numero di anni fino al 1633, quando mons. Crova visitò la chiesa che risulta ultimata.