La confraternita di San Domenico, dal 1472, si unì a quelle di San Francesco e di San Domenico formando una sorta di confederazione divenuta nell'Ottocento il pio Sodalizio Braccio Fortebracci. L'oratorio, di gran lunga più trascurato rispetto a quelli gemelli delle altre confraternite, assunse la forma attuale alla metà del XVI secolo, successivamente modificata quando, nel 1780, fu diviso a metà da un muro, ora rimosso. Serafino Siepi, nella sua Guida di Perugia del 1822, descrive una ricca decorazione ad affresco raffigurante Apostoli e Profeti che correva al di sopra del consueto ordine di sedili lignei addossati alle pareti, tipico degli Oratori. Recenti restauri hanno messo in luce porzioni di affreschi raffiguranti san Giovanni e san Giacomo.