L’oratorio della Misericordia di San Giovanni Battista decollato è parte integrante del complesso costituito dalla chiesa di San Giovanni Battista e dalla chiesa di s. Agnese. La trasformazione in Oratorio avvenne nel 1495 con il Vescovo Della Rovere che concesse alla Società di San Girolamo il sito, Successivamente nel 1556 venne istituita la Confraternita della misericordia che inglobò la Società di San Girolamo. La confraternita, di origine Fiorentina venne aggregata all’arciconfraternita romana della Misericordia con gli stessi privilegi ed indulgenze. Il compito principale era quello di confortare i carcerati e condannati a morte, accompagnandoli fino al patibolo. La confraternita si occupava anche del trasporto degli infermi, della raccolta delle elemosine, della sepoltura degli indigenti e del conferimento della dote alle fanciulle povere. La confraternita possedeva diversi locali lungo la via, alcuni destinate a celle, e sui terreni di proprietà venivano fatte le sepolture, poi bonificate nel XIX secolo. L’Oratorio della Misericordia è stato per un lungo periodo chiuso al pubblico. Ora grazie all’interessamento dell’Ufficio Beni Culturali della Diocesi Todi Orvieto e dell’attuale parroco della Parrocchia di S. Andrea che hanno permesso e sostenuto molti necessari restauri dell’apparato ligneo e dell’altare, sono possibili visite in occasioni speciali.