La Chiesa Madre di S.Stefano è stata fondata nel XIV secolo per volontà del potente Federico Chiaramente e fu dedicata a S.Nicola di Bari.
La sua trasformazione si accompagnò allo sviluppo del paese. Anche il nome fu cambiato, per un lungo periodo, in di S.Maria dell’Itria per la particolare venerazione che ebbe in Sicilia.
Al quattrocento risalgono le prime opere d’arte di cui abbiamo notizia e documentazione, di indubbio interesse artistico e storico. Al 1464 risale la tela dei tre protettori del paese ( S.Stefano protomartire, Madonna della Catena e S.Rosalia). Quest’ultima documenta il culto alla Santa anteriore all’invenzione delle ossa sul monte pellegrino e della grotta della Quisquina (1624).
Nel 500 la famiglia Ruiz, a cui era andata la baronia del paese, ne volle il rinnovamento. In una pietra all’esterno della Chiesa è stata incisa una data 1575.
Dal settembre del 1625 si conserva, nella Matrice, il busto di Argento che raffigura Santa Rosalia con le reliquie che si conservano in una teca.
Nei documenti e nei libri parrocchiali che si conservano nell’archivio della Chiesa Madre e della Curia Vescovile di Agrigento sono elencati i parroci che si sono succeduti dal 1598 ad oggi.
Nel 700 Giuseppe Emanuele Ventimiglia principe di Belmonte con le elargizioni proprie e del popolo, sotto la direzione di P.Ignazio Traina fine architetto, rifece e restaurò la chiesa Madre.
Il 4 settembre del 1774 il Vescovo di Agrigento Antonino Lancea con solenne rito consacrò la Chiesa Madre dedicandola ai Santi: Nicola, Giuseppe e Rosalia.
Altri dipinti furono collocati nella Chiesa Madre. Meritano una particolare attenzione la risurrezione di Lazzaro e la cena di Emmaus di autore ignoto. A fine 800 Federico Panepinto, artista stefanese, eseguì le tele del martirio di S.Lorenzo e la strage degli Innocenti.
Prezioso è il fonte battesimale dove è stato battezzato Giacinto Ansalone il 1° novembre 1598.
Molti lavori sono stati eseguiti dall’Arciprete Mons. Luigi Abella durante il suo lungo ministero pastorale (1932 al 1968). Oltre ai lavori di restauro a lui si deve la ricostruzione del campanile, della casa canonica e dei locali delle suore Assuntine.
Gli ultimi lavori di consolidamento e di restauro sono stati eseguiti negli anni 80 dall’Arciprete Mons. Antonino Massaro.
Motivo di soddisfazione hanno gli stefanesi quando tornano nella loro chiesa Madre: per l’architettura armoniosa, per le opere d’arte in ottimo stato, per i documenti ben conservati, per i sacri riti che vi si celebrano. Essa resta la Casa più bella del paese che incanta e affascina i visitatori che da qualsiasi parte vengono alla Quisquina e a S.Stefano.