La chiesa di San Francesco e’ collocata nel centro storico della città. Fondata nel 1267, fu eretta dai frati d’Isernia sulla costruzione della chiesa abbandonata dedicata a Santo Stefano del 1220. La cella dove trascorse il suo tempo San Francesco e’ al giorno d'oggi ancora conservata. Quando il Santo giunse ad Isernia venne edificato anche un convento congiunto alla chiesa. Stando alle fonti, per la edificazione della chiesa fu utilizzato del materiale proveniente dalla citta’ natia del santo, vale a dire Assisi. Nel XVIII la chiesa ha subito delle trasformazioni: la facciata e il rosone sono state innalzate per permettere di adattare l’interno della chiesa alle nuove necessità culturali della popolazione. Alla chiesa si accede attraverso una gradinata. Il portale e’ formato da una serie di archetti, uno dei quali poggia su teste antropomorfe scolpite. Il secondo portale e’ disposto su un lato della facciata e apre l’ingresso al chiostro. La campana della chiesa e’ nata dalla fusione dei materiali della campana precedente ed è stata conservata accuratamente per il suo prestigio, proprio in onore del suo fondatore. Tra la struttura della chiesa e quella della sua cappella dedicata a Sant’Antonio vi sono delle differenze. La chiesa risente fortemente degli influssi medioevali mentre la cappella ha uno stile settecentesco desumibile dalla sfarzosita’ e della luminosita’ che la caratterizza. La chiesa è simmetrica nella sua forma e l’unica navata e’ delineata dai tre archi a tutto sesto che precedono la cappella. All’ingresso inoltre si osservino le acquasantiere sorrette da figure infernali. Nella cappella e’ presente una raffigurazione della Madonna della Provvidenza datata tra il XIV e il XV secolo, che raffigura la Vergine nell’atto di benedire il Bambino adagiato tra le sue braccia. Altra statua di rilievo e’ quella che raffigura il Cristo sistemato su un altare, opera molto particolare per la sproporzione delle mani rispetto alla testa e la posizione del busto rivolto verso il basso. Sempre all’interno di questa cappella, oltre a queste due opere, e’ custodito anche un Crocifisso risalente al quattrocento in legno.