Edificata a partire dal 1519, la chiesa è caratterizzata dalla pre­senza degli altari dedicati alle arti e ai mestieri; ospita i sepolcri di numerosi personaggi, tra i quali Benedetto Marcello e Gasparo da Salò. La facciata, coronata da tre pinna­coli a lanterna in cotto, è impreziosita da tre portali cinquecenteschi, di cui quello centrale è affiancato da maestose colonne. L'interno, diviso in tre ampie navate, presenta un presbiterio soprae­levato, per costruire il quale nel 1978 fu realizzato un sovrap­passo sul vicolo a settentrione. Nel presbiterio notevole il coro intarsiato di Clemente Zamara (1500), mentre la cantoria di sinistra ospita un pregevole organo di Graziadio e Costanzo Antegnati (1581) che necessiterebbe un restauro. La chiesa conta ben dieci cappelle per lato, con un ricco corredo pittorico per lo più del XVIII secolo. Nelle lunette sopra le cappelle terminali delle navate e in due riquadri sulle pareti laterali del presbiterio sono stati recentemente riscoperti affeschi della scuola del Romanino. Sul lato occidentale della chiesa sono due chiostri, cui si accede da piazzetta S.Giuseppe, entrambi con interessanti affre­schi dei secoli XVII-XVIII, con soggetti legati all'ordine fran­cescano. Un terzo grande chio­stro settentrionale è stato da poco restaurato. Il convento di S.Giuseppe ospita dal 1978 il Museo Diocesano di Arte Sacra e il Museo del tessuto liturgico, che raccoglie opere provenienti da chiese, enti e privati, per lo più di soggetto sacro. Fra queste, dipinti del Romanino, Gian Battista Pittoni, Giuseppe Tortelli, Antonio Cifrondi, oltre a interessanti sculture e oggetti di arti applicate.