Intitolata a Sant’Antonio dalla metà dell’800, secondo la tradizione la chiesa fu edificata e dedicata alla Santa Croce agli inizi del XIII secolo, in seguito al passaggio di San Francesco, di ritorno dal santuario di San Michele Arcangelo sul Gargano. La chiesa fu poi intitolata a San Francesco, come l’omonimo convento ad essa annesso, di cui oggi restano tracce di muratura ed un calco di campana visibili nell’adiacente area archeologica delle Terme romane di Histonium. Una fase importante della storia della fabbrica risale al XVIII secolo, quando nel contesto di più ampie operazioni di revisione e adeguamento ai nuovi gusti di tutte le chiese cittadine, anche quella di Sant'Antonio mutò il suo stile dal romanico al barocco. L'edificio ha un impianto ad aula unica, con cappelle laterali e copertura voltata. Molto interessante è la facciata rustica in mattoni, dove spicca il portale tardoduecentesco in pietra, attribuito allo scalpellino locale Ruggero De Fraginis.