L’insieme costituito dal sepolcreto e dalla sovrastante Cappella Ducale o del S.S. Sacramento fu realizzato per volontà di Alberico II Cybo Malaspina (1607-1690); i lavori, iniziati nel 1687, furono portati a termine nel 1694 dal figlio di Alberico, Carlo II (1631-1710), sotto la guida dell’architetto ducale Alessandro Bergamini. Nel sepolcreto furono radunate le lastre tombali dei Cybo Malaspina situate in altri punti della chiesa di San Francesco (tra cui quella del fondatore della “Massa Nova”, Alberico I); soltanto molto più tardi, nella seconda metà del Novecento, vi furono collocati due pregevoli monumenti sepolcrali, quello di Eleonora Malaspina (+ 1515), scolpito da Pietro Aprile, e quello di Lorenzo Cybo (+ 1549). Nel 1950 il vescovo Carlo Boiardi ottenne il permesso di destinare il sepolcreto a luogo di sepoltura dei vescovi apuani.