Il toponimo di Santa Maria dell’Alizza lega le sue origini all’antico nome del centro messapico: Alixias. Si tratta di un edificio Medievale che si eleva su un colle, il punto più alto dell’abitato, sul luogo dove un tempo sorgevano i templi pagani dell’antica città prima messapica e poi romana. Alcuni affreschi conservati all’interno di indubbia epoca Basiliana, attesterebbero la costruzione al X-XI° secolo; la mancanza di un adeguato studio archeologico delle murature, non ci permette di poter affermare con certezza se questo primo impianto dell’edificio fosse a croce greca o latina né se esso sia nato anche come cenobio ove risiedevano i monaci basiliani; tuttavia fu proprio con i basiliani che il tempio fu adattato al rito greco e quindi affrescato sul perimetro interno con figure di Santi della chiesa d’oriente e scene della vita della Madonna. Nei documenti più antichi a noi pervenuti la chiesa è denominata “Santa Maria de’ Cruciata (in località Alicia)” e a tal proposito è significativo segnalare la presenza di croci e scudi araldici incisi all’interno e all’esterno del tempio che testimoniano il passaggio di quei cavalieri che partivano per le Crociate passando a rendere omaggio alla Madonna dell’Alizza; sul piazzale adiacente vi è, inoltre, una “Croce Patente” o croce templare (plausibile elemento della facciata medievale della chiesa che, prima della costruzione della torre, si presentava “a capanna” simile a quella di tante facciate di chiese romaniche) e che oggi troviamo sormontata in bella vista su di una stele in pietra, un arcaico menhir cristianizzato secondo alcuni studiosi. Dopo l’estate del 1268, Carlo I d’Angiò con le sue truppe cinge d’assedio Gallipoli che capitola nell’aprile dell’anno successivo; i castighi inflitti agli abitanti per la fedeltà al vecchio sovrano svevo, li costrinsero all’abbandono della città ed a rifugiarsi in Alezio; anche il Vescovo e tutto il clero diocesano trovano asilo nell’antica chiesa di Santa Maria della Crociata che, dopo una formale richiesta scritta del vescovo Melezio a Papa Giovanni XXII, viene ristrutturata, ampliata ed elevata a sede episcopale per circa un secolo con titolo di Cattedrale e denominata a “S. Agata de Alicia”. Dopo questa data fu eretta quell’imponente torre che caratterizza la facciata e che la rende un unico esempio di chiesa-fortezza: il pronao. Costruito per scopi difensivi e di vedetta sulla vicina costa (proprio per la sua ubicazione su un’altura), si apre con un grande arco a sesto acuto sul fronte e due archi minori sui lati ed è caratterizzato da una volta a crociera arricchita da costoloni poggianti su quattro capitelli raffiguranti i simboli degli Evangelisti. L’interno presenta una pianta a croce latina con copertura a capriate, ad un’unica navata con transetto sporgente a nord e sud e con presbiterio absidato rivolto ad est. La decorazione pittorica di cui abbiamo prima accennato e che un tempo ricopriva tutto l'interno in un ciclo iconografico, attualmente è composta da poche immagini in cui si possono distinguere più fasi ornamentali che vanno dal X al XVI secolo ovvero dall'arte dei monaci basiliani a quella di gusto rinascimentale; sulla parete del transetto sud, troviamo “il volto greco” ovvero il frammento di affresco basiliano raffigurante Santa Maria della Crociata o dell’Alizza che originariamente raffigurava una Madonna col Bambino. Sulle pareti interne troviamo inoltre alcuni dipinti su tela di pregevole fattura databili tra la fine del XVI° ed il XVIII° secolo, ed un fonte battesimale scolpito nel 1588 da Vespasiano Genuino.