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Il complesso conventuale di san Francesco risale al XII-XIV secolo e fu edificato in stile gotico lombardo nel sito del castrum. Dal 1291 si hanno indizi del trasferimento nel convento dei frati minori conventuali. L'arrivo dei francescani attesta un progressivo inserimento della comunità religiosa nel tessuto sociale della cittadina medievale. La sala capitolare e la sacrestia della chiesa ospitano il museo "Paola Benzo Dapino" che contiene affreschi del XIV secolo, alcuni mobili di sacrestia, una quadreria e le reliquie di S. Urbano;
la sacrestia è stata ristrutturata e impreziosita. I reliquari lignei sono di particolare pregevole fattura. Durante il restauro degli armadi, sulla parete Nord, è emerso un affresco del 1532 con la stessa iconografia dell'altare. Sul lato opposto è stato rinvenuto il dipinto di un cavaliere munito di scudo e vessillo con croce; il soffitto a cassettoni lignei è tardomedievale.
Il ciclo pittorico alle pareti, eseguito ad affresco attorno al terzo decennio del XIV secolo, conduce ad una cultura lombarda del gotico internazionale legata all'orbita del maestro della tomba Fissiraga in San Francesco di Lodi, La Quadreria contiene 14 tele della Via Crucis (1796) del bolognese Fancelli, tele sei-settecentesche e la pala della Vergine con Bambino fra san Francesco e san Biagio, di fine Cinquecento, opera dell'alessandrino Soleri. Durante il restauro sono stati individuati strati pittorici sovrapposti ed è emerso che la figura di san Francesco era stata dipinta sopra una precedente raffigurazione di un santo Vescovo.
Il Museo è stato inaugurato nel 2011 ed espone una serie di arredi in un unico organismo costituito dagli elementi superstiti del convento e con la realizzazione di una nuova struttura avente funzione di ingresso.