Il nome Civitanova è stato attribuito nel Medioevo per distinguerlo da un più antico insediamento che sorgeva nei pressi, la Civitavetula o Civitavecchia, oggi ribattezzata Duronia; le prime notizie certe risalgono al 1002, quando Berardo, conte di Isernia, e sua moglie Gemma vollero edificare a Civitanova del Sannio un monastero da donare alla regola benedettina. Il 19 febbraio 1864,cambia denominazione in Civitanova del Sannio, prima infatti era solo Civitanova.