La Basilica fu edificata tra la fine del XIV sec. e gli inizi del XV sec., sui resti di un tempio preesistente dedicato a S. Maria del Mulino e risalente al XII sec. Distrutta in gran parte dal disastroso terremoto del 1693, fu rapidamente ricostruita grazie al contributo del Conte Baldassarre IV Naselli e alle varie maestranze locali. I lavori di restauro, guidati dall'arciprete-parroco Francesco Maria Porcelli, furono così spediti che già il 13 dicembre 1699 il Vescovo di Siracusa Asdrubale Termini poté riconsacrare il tempio. Poiché il complesso architettonico non presentava ancora la sua veste definitiva, tra il 1735 e il 1740 la famiglia Naselli incaricò l'architetto Rosario Gagliardi, tra i principali esponenti del Barocco siciliano, per la sistemazione urbo-scenografica dell'intero tempio e in particolare della facciata (ricostruita dopo il terremoto del 1693 fino al completamento del primo ordine). Tuttavia, tale progetto di cui si conservano i disegni nell'archivio, non venne mai realizzato.I completamenti del tempio furono portati a termine molto più tardi ad opera degli architetti Mariano Battaglia e Giovanni Galeoto: quest'ultimo progettò la cupola di stile neogotico, ultima nel 1894. La facciata fu completata nel 1936 con la costruzione della torre campanaria, ad opera dell'Ing. Santoro Secolo. L'interno presenta quindici altari distribuiti nella vasta superficie (63 x 23 metri): l'altare maggiore è dedicato alla Natività di Maria; l'abside di sinistra al SS. Sacramento; l'abside di destra a Maria SS. Addolorata; nelle testate del transetto troviamo gli altari del SS. Crocifisso e della Madonna del Carmelo; gli altari della navata laterale di sinistra sono dedicati a Maria SS. di Fatima, l'Adorazione dei pastori, S. Lucia, S. Rita da Cascia e al Martirio dei quattro santi coronati con San Sebastiano (Claudio, Nicòstrato, Sinforiano e Castorio); gli altari della navata laterale di destra sono dedicati a S. Francesco di Paola, SS. Agostino e Monica, S. Antonio da Padova, SS. Pietro e Paolo e ai SS. Crispino e Crispiniano. Altre opere di grande interesse: - il soffitto ligneo, affrescato dal messinese Antonino Alberti, detto il "Barbalonga" nella prima metà del secolo XVII, presenta cinque scene dell´Antico Testamento: «Il giudizio di Salomone», «Giuditta ed Oloferne», «Davide danzante davanti all' Arca», «La regina Ester sotto le mura», «Rebecca al pozzo di Giacobbe»; - i fregi in stucchi del cornicione che sormonta gli archi acuti sostenuti da dodici colonne, decorato con rappresentazione di angeli che giocano, fogliame, frutta e paesaggi, e i fregi del catino absidale raffiguranti il trionfo del SS. Sacramento, attribuiti alla scuola del palermitano Giacomo Serpotta; - una statua in alabastro della Madonna del Carmelo dei primi del '700, attribuita alla scuola del Gagini; - tre statue lignee raffiguranti S. Francesco da Paola (del '600), Maria SS. Addolorata (acquistata a Napoli nel 1774), San Giuseppe (acquistata a Napoli nel 1778); - il monumento funerario del Principe Baldassarre V Naselli, realizzato intorno al 1753-60 dal palermitano Ignazio Marabitti; - un monumento sepolcrale neoclassico della famiglia Ferreri di Passanitello, realizzato dallo scultore palermitano Valerio Villareale nei primi dell'800; - la cappella del SS. Sacramento, realizzata nel 1812 dal palermitano Giosuè Durante; - il fonte battesimale in marmo bianco di Carrara, realizzato nel 1798 da un anonimo scultore comisano; - la tela della «Natività di Maria», del 1698, attribuita a Carlo Maratta, posta sull'altare maggiore; - tre tele del pittore romano Giovanni Ulisse Ciriaci, raffiguranti l'«Immacolata Concezione», la «Presentazione di Gesù al tempio» e l'«Assunzione di Maria in cielo», collocate nell'abside e commissionate nel 1707; facevano parte di un più ampio ciclo pittorico dedicato alla Vergine Maria (in origine erano sette) - l'organo attribuito al sacerdote napoletano Donato Del Piano (1704-1785).