È una delle più antiche chiese cittadine e la sua esistenza è già attestata nel 1367 ed il 31 luglio 1484 il castellano dei Conti di Modica, Caston di Sanclemente legò alla chiesa di San Pietro un lascito in denaro in suffragio della sua anima. Interamente ristrutturata nella metà del XVII secolo per volontà del sacerdote Vincenzo Graffeo è stata successivamente riconfigurata nel 1742 con il probabile intervento di G.B. Amico (1684-1754) e con un elegante apparato di stucchi. Alla chiesa fu annesso l’orfanotrofio femminile fondato dal comune nel 1631 grazie alla generosità di alcuni cittadini. In seguito al sisma del 1968 la copertura è crollata