E' sicuramente la chiesa più antica di Affile, posta sull'anonimo colle, e impersona uno dei primi luoghi di culto cristiano nella Valle dell'Aniene, tanto che si può farla risalire ad epoca paleocristiana. Dedicata al principe degli Apostoli, è stata in anni recenti inserita nel contesto cimiteriale comunale dopo la chiusura delle fosse comuni situate sotto il pavimento della chiesa di S. Maria. Menzionata per la prima volta da Gregorio Magno. L'attuale chiesa si può far risalire, dopo precedenti ricostruzioni e rifacimenti, al secolo XV. Già prima del VI secolo questa chiesa dovette svolgere funzioni di parrocchia per i cristiani del municipio affilano per cui quando vi giunse da Roma il giovanissimo S. Benedetto, questo luogo di culto era un centro fiorente di interessi religiosi da parte della comunità parrocchiale e imperniato sulla attività cenobitica di una comunità di monaci che, oltre al culto, avevano attivato funzioni di formazione e di studio nonchè di hospitale per i poveri e per i pellegrini. A questo piccolo tempio paleocristiano vengono attribuite solo funzioni periferiche e rurali; solo nell'anno 1005 le attribuzioni parrocchiali sono state prese dalla maggiore e più centrale chiesa di Santa Maria presso la Cicerara. In questo periodo, col trasferimento dell'abitato di Affile sulla collina occidentale, la chiesa di S. Pietro venne sempre più relegata a mansioni rurali in quanto rimasta in mezzo alla campagna e fuori delle mura cittadine ma mantenne sempre gli attributi di importanza particolare sia per la sua antichità sia per il ricordo del primo miracolo di San Benedetto. Con l'unità d'ltalia o forse anche precedentemente, il terreno limitrofo alla chiesa fu scelto come luogo di sepoltura per la popolazione affilana, alla quale non bastavano più le fosse all'interno della chiesa di Santa Maria; così la bella chiesa di S. Pietro si trovò inserita all'interno del perimetro del nuovo camposanto e ne assunse totalmente le funzioni cimiteriali. Questo stato di cose si protrasse fino a pochi anni addietro quando l'insufficienza dell'area cimiteriale e soprattutto i più impellenti motivi igienici hanno spinto l'Amministrazione a chiuderlo definitivamente a favore di quello nuovo creato appositamente in località "la cona". Con l'abbandono delle prerogative cimiteriali, l'area e la stessa chiesa vivono lunghi periodi di chiusura e di abbandono che, assieme agli agenti atmosferici, stanno creando i presupposti per la definitiva scomparsa di questo antichissimo segno paleocristiano in Affile. Interno della chiesa La struttura oggi esistente si presenta ad aula rettangolare unica di m. 7 x 12, col tetto a due spioventi sorretto da capriate lignee; la parete di fondo, sulla quale è stata ricavata una piccola nicchia absidale in cui è inserito l' altare, presenta un affresco centrale raffigurante una bella Crocifissione con ai lati le figure di due santi, San Benedetto Abate e un Vescovo di sicura epoca posteriore; deturpata da crepe e rigonfiamenti dell'intonaco la parete minaccia di cadere a terra a causa di infiltrazioni di umidità proveniente dall'alto. L'acqua piovana ha trovato il suo ingresso vi è l'attacco di un edificio odierno addossato alla parete di fondo, costruito negli anni '77 con funzioni di camera mortuaria e di alloggio per il custode; questo fabbricato, oltre a costituire un elemento di vile deturpamento del complesso, reca danno alla chiesa che meriterebbe maggiori attenzione per la sua antichità ed unicità. Delle due pareti laterali, una, totalmente spoglia, presenta due piccole finestre con larga strombatura verso l'interno dalle quali prende luce tutta l'aula essendo queste poste a mezzogiorno, l'altra che rivolge a settentrione è senza finestre per lasciare l'ampia superficie alla figurazione esistente, affrescata con quattro grandi quadri e quattro scene diverse.