La presenza di comunità rurali di età romana e tardoantica a ridosso di un’importante direttrice viaria costituisce il contesto nel quale dovette inserirsi, non prima della fine del V secolo, la costruzione dell’edificio di culto cristiano con battistero, sul sito poi occupato dalla “Rotonda di San Giovanni Battista”, da cui sembra discendere anche la denominazione dell’insediamento di San Giovanni Rotondo. La chiesa di San Giovanni è articolata in due corpi di fabbrica distinti: la rotonda vera e propria, ossia il battistero altomedievale, e la navata, una struttura rettangolare successivamente addossata al battistero verosimilmente a partire dall’XII secolo. Il fabbricato è stato oggetto nel tempo di interpretazioni controverse. Una tradizione locale, non fondata su dati storici ma leggendari, lo riteneva un tempio dedicato a Giano, successivamente trasformato. Questa tradizione è stata definitivamente confutata dalle ricerche sistematiche recentemente conclusesi. Nel mese di ottobre 2014 si è avuta la definitiva conferma della natura del fabbricato, grazie allo scavo condotto all’interno della rotonda che ha consentito di mettere totalmente in luce i resti della vasca battesimale, già riconosciuti nel 1998 durante precedenti lavori di consolidamento e poi di nuovo ricoperti. La scoperta della vasca battesimale paleocristiana (V-VI secolo) riveste notevole importanza sul piano storico-artistico. Quello di San Giovanni rappresenta infatti una delle rare testimonianze di battisteri paleocristiani “autonomi”, ovvero distinti dall’aula cultuale, noti archeologicamente in Italia meridionale; anche le vasche individuate per via archeologica e materialmente conservate in area pugliese sono numericamente esigue. Non sembra, allo stato attuale delle conoscenze, essersi conservata traccia dell’edificio cui il battistero era collegato; i resti di questa fabbrica, oltre che di eventuali altre strutture connesse al complesso, potrebbero essere sepolte nelle immediate adiacenze della rotonda o essere celate, e forse in parte inglobate, dall’imponente chiesa medievale dedicata a Sant’Onofrio che si sviluppa a sud del battistero. Si possono distinguere tre momenti principali nelle vicende della decorazione pittorica, che per secoli ricoprì interamente l’interno della chiesa, presentando ai fedeli immagini di singoli santi e scene tratte dai Vangeli. Le pitture più antiche risalgono al XIII secolo, mentre nel Trecento si colloca la più importante fase decorativa, che sembra aver coinvolto l’intera costruzione e che evidentemente è da collegare alla ristrutturazione in chiave gotica della navata; al primo Quattrocento risalgono, invece, alcuni pannelli visibili sulla controfacciata e nella Rotonda. Gli affreschi riemersi nella chiesa di San Giovanni risultano di grande interesse culturale perché, oltre a testimoniare le antiche vicende dell’edificio, arricchiscono l’orizzonte della pittura medievale della Capitanata fra XIII e XV secolo. Tale produzione, spesso erroneamente ricondotta alla pittura bizantina, si basa sulla giustapposizione di pannelli devozionali, di frequente arricchiti dalla figuretta dell’offerente in preghiera, e singole scene (per lo più l’Annunciazione) che fungono da compendio del ciclo cristologico, come si nota nelle chiese di Santa Maria Maggiore a Monte Sant’Angelo e Santa Maria di Devia, le più famose in Capitanata per la ricchezza del corredo pittorico. La realizzazione è opera di frescanti locali educati a schemi iconografici di ascendenza bizantina, ma tradotti in “lingua” occidentale. In casi più rari si incontrano cicli cristologici o agiografici più articolati: questo aumenta il valore storico-culturale della decorazione pittorica di San Giovanni che presenta due diversi cicli ed emerge, rispetto alle altre chiese affrescate della regione, per la presenza di alcuni temi iconografici desueti.