L'origine dell'antico monastero di San Bartolo o San Bartolomeo ci perviene in due versioni non distanti nel tempo, la prima, sostenuta dal Libanori, che vede la costruzione della chiesa, situata nell'area a sud-est del borgo di San Giorgio, nell'anno 854, per volere della Contessa Ada o Latta, moglie di Ottone I d'Este, come ringraziamento per il ritorno del figlio Marino incolume dalla strage compiuta dai Veneti a Comacchio, proprio nel giorno di San Bartoloneo. La seconda, documentata negli scritti del Guarini e Prisciano, indica l'origine del complesso monastico nel 869; in quell'anno l'imperatore Ludovico II concede il privilegio di protezione a cinque nobili ferraresi canonici dell'antica cattedrale di San Giorgio, i quali, con l'autorizzazione del vescovo Viatore seguendo la regola dei Cluniacensi, fondarono e donarono i loro beni alla badia di là delle rive del Po, in luogo detto "canale" dove si trovava l'antica città. Questa seconda ipotesi è ritenuta la più probabile da storici quali il Muratori, il Frizzi e il Manini Ferranti. Il vescovo Gregorio nel 998 confermò ai canonici del monastero "supra canale", gli stessi della cattedrale di San Giorgio, le precedenti concessioni, e cedette loro in permuta beni in Scornio e in Quartesana per dare il monastero ai Benedettini. Già nella prima metà dell'anno mille il monastero è in possesso di numerose terre a Manestirolo e San Nicolò, mantenute e coltivate dai monaci fino alla soppressione dell'ordine in epoca napoleonica. Nel 1055 l'imperatore Vittore II conferma il monastero Benedettino al Vescovo Rolando; San Bartolo diviene la prima istituzione monastica Benedettina e insieme a San Silvestro la sola d’origine ferrarese oltre la metà del XIII secolo. Dopo la metà dell’anno mille, per un periodo di circa 100 anni è difficile ricostruire la vita del monastero, in quanto non vi è documentazione attendibile, gli unici cenni sono contenuti nel manoscritto del Libanori, il quale ci informa che dopo la venuta di Papa Gregorio IX, grande ricostruzione di chiese, le sorti del monastero migliorarono, l’abate in carica è Ugo Ugolini; pare infatti che il Papa si sia prodigato per far riavere ai monaci i propri beni, di cui erano stati privati presumibilmente tra il 1055 e i primi anni del 1200. Studiando i manoscritti e i documenti antichi possiamo tracciare l’evoluzione architettonica dei San Bartolo, tenendo presente che i dati non sono sempre attendibili, in particolare per quanto riguarda l’origine del complesso monastico. Dalla fondazione anteriore al 1000 non vi è traccia; è evidente invece l’impianto duecentesco. All’epoca dell’abate Ugolini il complesso monastico ritorna al suo antico splendore architettonico ed anche a quello economico. Morto Ugolini nel 1260, il suo successore Cristoforo, continua a migliorare il complesso e a favorire l’aumento dei religiosi, si riparano fabbriche e si fanno lavori di abbellimento alla chiesa, realizzando anche la costruzione del protiro antistante sostenuto da quattro colonne di marmo bianco e con volta come soffitto, nell’architrave della porta vi è un’iscrizione che permette di datarne la costruzione 1293.