Sarebbero stati i Focesi, popolo greco originario della Focide, a fondare nel 753 a. C. l'insediamento oggi conosciuto come Andora. Dai rari documenti rinvenuti sembra che questa popolazione utilizzasse il neonato sito come approdo per il commercio del sale proveniente dai giacimenti della Corsica. Dopo i Focesi giunsero i Romani, i quali ad Andora hanno lasciato imponenti testimonianze della loro presenza. La principale è la Via Julia Augusta, che con un ponte a dieci arcate attraversa il torrente Merula, accanto al castello. Successivamente alla caduta dell'impero romano, su questa terra si avvicendano Longobardi, i Vandali e i Visigoti. Il dominio barbaro termina nel 773 con la conquista e l'insediamento di Carlo Magno. Qui, col suo cavallo, giunse anche Aleramo degli Alerami, dominatore di molti territori circostanti, anche oltre i confini dell'attuale Liguria di Ponente. Dopo brevi periodi di dominio delle signorie Del Vasto (1021) e Del Carretto, nel 1170 i Clavesana eressero sul poggio chiamato "Paraxu" questo castello posto a dominare la valle e il torrente sottostanti. Nel 1237 il castello di Andora passa ai Doria e viene ceduto alla Repubblica di Genova nel 1252. Accanto al maniero sorgeva l'originario nucleo abitato, fortificato dalle mura perimetrali che oggi sono quasi invisibili. Nel 1321 il borgo fu teatro di una feroce battaglia tra guelfi e ghibellini. Secondo alcuni cronisti dell'epoca, il borgo viene progressivamente abbandonato per le gravi pestilenze del 1493 e del 1524. Accanto alla torre si trovava il pozzo, mentre nell'adiacente tettoia di sinistra erano ospitate l'officina del fabbro e le scuderie. Oggi i ruderi del castello e del borgo, con la torre e la chiesa romanico-gotica dei Santi Giacomo e Filippo, costituiscono un complesso monumentale tra i più importanti della Liguria.