Una tradizione locale fa risalire la fondazione dell'edificio direttamente al santo, nel 1222.1 L'architettura tipica cistercense è ravvisabile nella pianta della chiesa, rimasta sostanzialmente immutata nel corso dei secoli, con le sue sei cappelle laterali variamente intitolate: S. Caterina, Cinque Martiri, SS. Rosario, SS. Sacramento, S. Giovanni, S. Maria degli Angeli, S. Gregorio, S. Bernardino da Siena, S. Lucia, S. Antonio da Padova. L'edificio è mononave con pavimento in declivio; presenta cappelle laterali e un presbiterio rialzato con altare maggiore dedicato a S. Francesco. Nei pressi dell'altare è collocata una botola non più praticabile, che dava accesso a locali sotterranei in cui venivano sepolti i monaci. All'esterno, tra i resti della fase medievale, troviamo il caratteristico campanile a cono, ancora provvisto di una campana in bronzo, testimonianza dell'ultimo intervento di restauro avvenuto nel Settecento. Il convento ha ospitato, nel corso della sua storia, personaggi importanti: Carlo V, Alfonso d'Aragona (1437) e il Papa Sisto V (1559) sono i nomi più illustri, che, insieme a tutta una serie di altre personalità, temporali e spirituali minori, si sono fermati nel complesso, a dimostrazione dell'importanza che rivestiva per la comunità come luogo di ricovero e ristoro tra i secoli XIV e XVIII. L'area del monastero e in particolare l'acropoli (il giardino del Santuario di Minerva e l'area del grande basamento sostruttivo) furono interessate, alla fine degli anni '90 dell'800, da una serie di scavi guidati dall'ispettore locale, Pio Capponi, che riportarono alla luce interessanti reperti, utili all'identificazione del sito e a una sua comprensione generale.Questo scavo andava a completare le ricerche scaturite da una più antica pulizia dei giardini del convento, eseguita all'inizio del 1840 per interessamento del Conte Gregorio Antonelli, e che aveva portato alla scoperta di un vastissimo pavimento a mosaico, che celebrava l'intervento restaurativo della potente famiglia Galba di un certo Tempio di Minerva. Il pesante bombardamento del settembre 1944 provocò gravi danni alle strutture, che furono successivamente ricostruite e trasformate non tenendo conto delle forme originarie. In particolare, il portico antistante la chiesa aveva gli archi a sesto acuto e la parte centrale era più alta: in generale, tutti questi elementi hanno subito un forte ribassamento.