Il nucleo originario della sezione scientifica, come per altre sezioni del Sistema Museale della Città di Cremona, è costituito dal lascito Ala Ponzone, particolarmente interessante e di grande pregio in quanto Giuseppe Sigismondo (1761-1842), ancor prima che collezionista, fu naturalista e preparatore. A questo primo nucleo si sono aggiunte, in tempi successivi, altre raccolte donate prevalentemente da naturalisti locali. Le collezioni scientifiche hanno seguito le vicissitudini del Museo Civico "Ala Ponzone" in Palazzo Affaitati-Ugolani Dati fino agli anni '50, momento in cui si decise il loro spostamento presso Palazzo dell'Arte. Qui venne inaugurato, in concomitanza con la settimana dei Musei il 30 ottobre 1958, il "nuovo" Museo Civico di Storia Naturale di Cremona. Poi, negli anni novanta, il trasferimento nella sede presso il Parco del Vecchio Passeggio. In questo nuovo ritorno presso Palazzo Affaitati-Ugolani Dati, il percorso proposto è articolato in sezioni, il cui filo conduttore è rappresentato dalla trasformazione delle funzioni, da collezione naturalistica "a profitto degli studiosi di questa città", a istituzione che oggi si occupa della conoscenza e della conservazione del proprio territorio. Il percorso inizia quindi con la sezione storica, costituita prevalentemente dal nucleo originario Ala Ponzone, prosegue con un passaggio sistematico attraverso le singole discipline (mineralogia, paleontologia e zoologia), per arrivare alla lettura del nostro territorio. L'ambiente naturale ed in particolare quello urbano permettono di introdurre un tema di grande attualità applicato alla situazione locale: una riflessione sulla conservazione della biodiversità. Lo spazio dedicato alla didattica, interdisciplinare e a disposizione di tutte le sezioni del Sistema museale, porta invece ad una riflessione su come l'uomo utilizza le risorse del proprio territorio raccordandosi al tema del rapporto fiume/città che ha caratterizzato la storia della nostra comunità.