La cripta si trova su una vecchia via di transito che portava a Brindisi, passando da Francavilla Fontana. Si tratta di un insediamento Italo-greco risalente almeno all' VIII secolo d.c. così come attesta la più antica icona della Vergine orante presente nella cavità carsica. A distanza di pochi metri sempre nella grotta vi è un altare in pietra dell'anno mille circa appoggiato al muro antistante, posizione che attesta l'ufficio del rito greco. Al di sopra si trovano due icone, una del cristo pantocratore, benedicente alla greca e al lato San Michele Arcangelo il guardiano di Brema, il capo delle armate celesti. in prossimità della cavità carsica si trova una abitazione trasformata da diversi interventi nel corso degli ultimi due secoli. La struttura architettonica lascia credere ad una cappella rurale dalle fattezze simili alla madonna della grotta, altra basilica rurale distante pochi chilometri. L'epoca di costruzione è sicuramente il 1300 come attesta una iscrizione al di sopra del portale d'ingresso. La cappella e la grotta di San Michele Arcangelo in agro di Ceglie Messapica attualmente sono di proprietà privata. Necessita di un intervento conservativo che consenta la fruizione a tutti, considerata la grande importanza storico-artistica.