Le confraternite di Assisi di origine medievale conservano ancora con orgoglio e grande cura le proprie sedi devozionali affrescate e decorate con artefatti databili dal XIV al XVIII secolo. Le sedi normalmente non sono aperte al pubblico. Alcune opere più delicate dal punto di vista della conservazione sono state trasferite al Museo diocesano di Assisi presso la Cattedrale di San Rufino che recentemente è stato oggetto di restauro e di ristrutturazione museale per favorire una migliore fruizione del prezioso patrimonio che vi si conserva. Fino al 1771/72 la Chiesa di San Vitale era stata sede dell’omonima Confraternita. Nel 1773, una volta soppressa la confraternita, l’allora Vescovo di Assisi Nicola Sermattei (17 marzo 1755 – 11 marzo 1780), assegnò la Chiesa come sede della Confraternita del Terz’Ordine Secolare di San Francesco, spostandola da quella precedente sita presso la Basilica di San Francesco nella Cappella del Crocifisso, detta anche . Si accede alla Chiesa di San Vitale salendo da Via Porta Perlici. Dopo una breve scalinata, si arriva ad un portale sormontato da un dipinto raffigurante lo stemma della Confraternita del Terz'Ordine secolare di San Francesco. Costruita nel XV secolo e rimaneggiata nel XVIII con la realizzazione della decorazione a finto marmo degli arconi, si presenta ad un'unica navata divisa in quattro campate. Numerose tele ornano le pareti: San Francesco concede il cordone al priore della Confraternita (secolo XVIII), Crocifissione con San Vitale, San Benedetto ed il donatore (1601), San Vitale invocato dagli infermi (1655) di Francesco Providoni, Sacra Famiglia (XVII secolo) e San Francesco (XVIII secolo). All'altare si ammira un dipinto di Girolamo Marinelli raffigurante la Madonna col Bambino ed i SS. Rufino, Vitale e Francesco, datato 1647. Nella parete di controfacciata si trova la cantoria con il pregevole ed interessante organo a canne, databile in un periodo a cavallo tra i secoli XVII e XVIII, viste le marcate analogie con l'organo della Cappella del SS. Sacramento nella Cattedrale di San Rufino. Vero e proprio orgoglio della Confraternita, l’organo a canne attribuito all’organaro Aloisio Calligari da Foligno risalente alla prima metà del ‘700, è stato restaurato nel 2017 grazie al contributo della Fondazione Cassa di Risparmio di Perugia, della C.E.I. e a quello della Parrocchia di Stans – Oberdof – Büren (Svizzera).