Il complesso della Chiesa di San Francesco è uno dei più antichi della Città. Unitamente al limitrofo convento francescano, compare già nel primissimo assetto urbano risalente al XIII Secolo. La Chiesa di San Francesco, dai richiami gotici, figura tra le prime chiese francescane d'Italia, costruita subito dopo la canonizzazione del santo (1228). Sorta come piccola Chiesa, sul modello della Porziuncola, ad una sola navata e con il tetto a capanna, si ergeva fuori dalle mura dell'epoca, all'interno di un ristretto gruppo di case detto Borgo di Sopra e, in seguito, Borgo di San Francesco. Pur con lievi modifiche, assunse l'aspetto attuale solo allinizio del XV Secolo, quando venne inserita nel nucleo settentrionale della Città, in seguito all'allargamento della cinta muraria. Nel corso del tempo rivestì una grande importanza dal punto di vista sociale e religioso, per avere avviato alcune istituzioni sociali e umanitarie quali il Desco dei Poveri e il Sacro Monte di Pietà. L'importanza delledificio è data dal suo ruolo di pantheon della famiglia Pico: al suo interno, infatti, sono custodite le splendide tombe di Galeotto (1499), Prendiparte (1394 - opera di Paolo delle Masegne), di Spinetta (1399), ed infine di Giovan Francesco I e Giulia Boiardo, i genitori di Giovanni Pico (1467). La Chiesa e il convento attiguo ospitavano inoltre un patrimonio artistico e culturale di incalcolabile valore: opere d'arte (alcune delle quali trasferite presso il Museo Civico), dipinti, statue devozionali, vetrate ricche di rimandi alla storia della città e del tempo; presso il convento inoltre era ospitata una ricca collezione libraria, che, insieme ad altri fondi, andò poi a costituire il nucleo originario della Biblioteca Comunale. Il convento, prima degli eventi sismici del 20-29 maggio 2012, costituiva la sede del Liceo Classico Giovanni Pico, mentre la Chiesa veniva utilizzata a scopi religiosi. Già dopo la prima scossa del 20 maggio 2012, la struttura è quasi completamente crollata, campanile compreso, mentre sono rimaste in piedi - seppur gravemente lesionate - la facciata, attualmente messa in sicurezza, e la parete delle tombe della famiglia dei Pico.