La fondazione della chiesa, di origine quasi certamente monastica per la sua lontananza dall'allora ristretto centro abitato e infatti pervenutaci come "Santo Stefano extra muros", viene fatta risalire alla seconda metà del secolo XI in base alla chiara impronta romanica delle porzioni più antiche, in particolare delle tre absidi - che hanno subìto nel tempo leggeri rimaneggiamenti - e della cripta. L'antica chiese visse decenni di abbandono, i primi lavori di recupero avvennero negli anni 1596 e 1597, e a metà del Seicento - dopo aver rischiato la completa demolizione - la fabbrica venne rinnovata con la elevazione della chiesa attuale: salve le absidi, la cripta e le murature nel tracciato perimetrale, si rifecero completamente la facciata, le volte di copertura e l'apparato interno. La Chiesa di Santo Stefano venne usata come romitorio, abitato da San Paolo assieme al fratello Giovanni Battista tra il 1721 e il 1722.