Autori locali fanno risalire la fondazione del convento Santa Chiara, fuori le mura, al 1419 e dentro le mura nel 1442. Il monastero di Santa Chiara esisteva prima del 1458 all'interno delle mura della Città di Crotone e vi si stabilirono le appartenenti alle famiglie nobili di Crotone. Ne fa menzione la bolla del papa Pio II datata 26 settembre 1458, nella quale ordina il trasferimento dei domenicani fuori le mura nel monastero di S. Chiara, che dalla data della sua fondazione ad allora era rimasto vuoto. Certo è che il monastero fu rifondato, nello stesso sito dell'attuale, nel 1481 secondo quanto riportato dal vescovo Leonardo Todisco. All'inizio del XVII secolo dopo oltre un secolo di florida crescita economica, il monastero viene ampliato e restaurato. Nel 1691 un terremoto distrusse alcune strutture del monastero, poi ricostruite. Il 31 ottobre 1774 veniva riconsacrata la chiesa del monastero dal vescovo di Crotone Capocchiani. Essa era stata completamente restaurata e abbellita di molti quadri, dell'organo e preziosi. Il terremoto del 1783 arrecò danni alla struttura conventuale e continuò la sua opera distruttrice per tutto l'anno. Il belvedere fu abbassato di quasi 10 metri e furono chiuse quattro finestre poiché il terremoto del 1783 ne aveva compromesso la stabilità. Tra il 1862 e il 1865, resa operante la legge sarda del 29 maggio 1855 sulla soppressione della maggior parte degli ordini religiosi, il comune di Crotone si appropriò di una parte del monastero. In virtù del regio decreto del 1866 il comune di Crotone pervenne alla proprietà dell'intero complesso monastico compreso la chiesa. Il 27 maggio 1939 con il concordato Stato-Chiesa furono approvate le disposizioni sugli enti ecclesiastici e sulle amministrazioni civili dei patrimoni destinati ai fini di culto. Nel 1931 il comune restituisce alla curia arcivescovile di Crotone  la proprietà dell'intero complesso monastico tranne alcune parti.