La chiesa è ubicata nella omonima piazza San Francesco, a poche decine di metri dalla stazione ferroviaria delle Ferrovie Nord Milano, pertanto è facilmente raggiungibile da Milano, Varese, Como e Novara. L'attuale edificio fu ricostruito nel 1297 con annesso un convento. La creazione di questa chiesa si deve probabilmente a Sant' Antonio di Padova, mentre visitò Saronno recandosi a Varese per l'insediamento di un monastero di conventuali, datato 1230 e soppresso nel 1797 da Napoleone. E' monumento nazionale dal 1931. La chiesa ha un adiacente convento, di epoca medioevale, che ospitava frati francescani. Recentemente è stato oggetto di restauro conservativo sia l'abside, finemente affrescato, che la volta in legno della navata centrale.