La chiesa di San Francesco di Mazara del Vallo fu edificata sopra una chiesa preesistente, dedicata a San Biagio, fatta costruire dal gran conte Ruggero d'Altavilla nella seconda metà dell'XI secolo. L'originale costruzione era in stile arabo-normanno dotata di tre navate e dodici altari, oltre a quello principale. Nel 1680 venne trasformata in stile barocco: le due navate laterali vennero abbattute, e la navata centrale venne rialzata e coperta con una volta a botte.