La Chiesa di San Francesco fu costruita nel 1356 su delle case di proprietà della Beata Michelina da Pesaro, francescana compatrona di Pesaro.
In origine il complesso architettonico comprendeva la Chiesa, la Sacrestia e il convento (crollato probabilmente alla fine del XIX secolo). Della struttura architettonica originaria non ci sono documenti. Attualmente la Chiesa è un'aula rettangolare a navata unica, scandita in maniera atipica da quattro colonne che separano lo spazio in tre zone: l'ingresso, una zona centrale o transetto, e infine, rialzato da un gradino e separato da una balaustra in legno, il presbiterio. Dall'unica porta alla sinistra dell'altare si accede alla sacrestia, attraverso un vano situato direttamente sotto il campanile. L'ordine architettonico è riconducibile, se non per le proporzioni almeno per gli elementi utilizzati, ad un pseudo-corinzio con base attica. Il plinto sul quale appoggia la base è decorato con intonaci ad imitazione del marmo, come negli altari del transetto. Le pareti sono scandite da lesene che si susseguono a un ritmo relativamente regolare, ma diventano binate nel transetto. Gli intercolumni si ripetono simmetricamente sulle pareti e la decorazione si arricchisce di stucchi floreali nel transetto e nel presbiterio. A causa del crollo del tetto e del cedimento della parete nord, nel 1997 l'edificio è stato oggetto di un restauro strutturale, che ha evitato il crollo e il continuo attacco degli agenti atmosferici. Purtroppo, l'edificio si trova tuttora in uno stato di completo degrado.

Il campanile era dotato di 3 campane fuse dalla fonderia Balestra di Cesena (fonditore che produsse pochissime campane ed è molto difficile trovare campane come queste nel territorio). Oggi, dei tre sacri bronzi, ne sono rimaste soltanto le due maggiori. Numerose erano le opere e i vari suppellettili sacri custoditi all'interno della chiesa. Parte di queste sono state trasferite presso la Pieve di Santo Stefano tra cui una tela del Venanzi che rappresenta Sant'Antonio da Padova e una copia dell'Immacolata Concezione di Federico Barocci. Infine un bel crocefisso policromo del '600. (Ampliamento del testo e aggiunta delle immagini: Ashley)