La chiesa ed il convento di Santa Maria dell’Isola, lungo la provinciale Conversano-Rutigliano, secondo quanto tramanda un’epigrafe all’interno della chiesa, sarebbero stati fondati nel maggio 1462 dal conte di Conversano, Giulio Antonio Acquaviva, il quale aveva sposato Caterina Orsini del Balzo, figlia del principe di Taranto, Giovanni Antonio Orsini del Balzo. La fondazione del complesso sarebbe da collegare ad un miracolo avvenuto in occasione della scoperta della grotta sottostante la chiesa, già sede di culto, ma in epoca imprecisata abbandonata e quindi riscoperta da una fanciulla a seguito di un sogno. In realtà il complesso architettonico pare risalga alla fine del XIV secolo o ai primi del secolo successivo, come si vede da un chiostro formato da archi gotici, retti da colonne binate, indubbiamente precedente alle costruzioni della seconda metà del Quattrocento. La chiesa ed il chiostro grande sono, infatti, tipiche espressioni dell’architettura dell’età rinascimentale.