Nata per volontà dell'abate Francesco Marucelli, dal quale prende il nome, è il frutto della donazione della sua ricca e cospicua libreria personale, che in sede testamentaria lasciò insieme ad una rendita per l'edificazione di un apposito edificio a Firenze con lo scopo di facilitare nello studio anche i giovani poveri, visto che all'epoca non esisteva nella sua città d'origine alcuna istituzione del genere.