La spezieria risulta già ubicata nei locali del convento prospicienti la strada già nel 1703. I lavori, eseguiti fra il 1793 ed il 1796, adeguano le strutture della farmacia della Certosa pisana alle esigenze funzionali ed estetiche del Settecento. La sistemazione architettonica si ispira al criterio della funzionalità:alla stanza centrale destinata all'esposizione e alla vendita dei prodotti si affiancano gli ambienti di servizio, la "cucina", il magazzino, la sala d'ingresso e di attesa. Apparati decorativi arricchiscono la sala centrale e ingentiliscono l'ingresso. Giuseppe Ferri, stuccatore, è l'autore degli ornati plastici della volta in cui raffigura i vasi e gli strumenti della farmacopea e della medicina intrecciati a grifoni e draghi. Nel 1796 il pittore Nicola Matraini esegue lo sfondato centrale con l'Allegoria della Medicina. La pittura, preziosa testimonianza dell'attività artistica del pittore di cui sono andate perdute molte opere, sviluppa il tema della farmacopea e dei suoi benefici. Sulla porta del cortile dei conversi Giuseppe Natili affresca, a mo' d'insegna, libri, erbe officinali, un alambicco, due brocche globulari ed un albarello. Nella sala d’attesa il Natili esegue le decorazioni parietali, con riquadrature, fiori e cartelle contenenti le iscrizioni che sovrastano le porte e le finestre con motti legati alla cura e alla salute. Nel 1795 il maestro Pasquale Matteucci, intagliatore, consegna i mobili e nel 1798 Santi Spina, artigiano pisano, fornisce i piatti delle due bilance ancora presenti e perfettamente funzionanti. Tutte le aeree pittoriche a contatto diretto con la superficie pavimentale presentano vistose cadute di colore sia delle ridipinture, sia del tessuto pittorico originale; si individuano in queste aree larghe porzioni di intonaco non originale risalente a passati interventi di manutenzione realizzati con materiale poco idoneo perché molto sensibile all’erosione dei sali di risalita. I saggi già effettuati hanno messo in luce la presenza di due strati di coloriture che ricoprono l’originale stesura pittorica; sia gli strati di ridipintura sia la decorazione settecentesca sono in alcune zone decoese e interessate da distacchi degli strati dall’intonachino.