La Chiesa attuale è stata edificata all’inizio del XII secolo, ma le origini dell’Abbazia sono molto più antiche. La leggenda fa risalire la fondazione di Sant’Antimo al IX secolo, all’epoca del Sacro Romano Impero. Il grande cantiere per l’edificazione della chiesa attuale prende avvio nel XII secolo, come testimoniato dalla Charta Lapidaria, un’iscrizione collocata nei gradini dell’altare maggiore che ricorda la donazione elargita all’abbazia dalla famiglia degli Ardengheschi nel 1118. Questo anno segna l’inizio del periodo di maggiore splendore di Sant’Antimo che diviene uno dei più ricchi e importanti monasteri della regione dal quale dipendono numerose pievi, castelli e poderi. In epoca comunale, però, l’abbazia perde alcuni dei propri possedimenti, tra cui il castello di Montalcino che, a causa della sua posizione strategica, è uno degli obiettivi delle mire espansionistiche della città di Siena nella toscana meridionale. Alla fine del XIII secolo i beni di Sant’Antimo sono ormai decimati e il monastero si trova in uno stato di decadenza. Per sanare questa situazione di degrado, Papa Nicolò IV ad affida l’abbazia ai Guglielmiti, un ordine benedettino riformato. Nonostante l’intervento papale, Sant’Antimo ha perso il suo antico splendore e, nel 1461 Papa Pio II sopprime l’abbazia incorporandola nella nuova Diocesi di Montalcino e Pienza. Nel XV secolo l’abbazia si trova in uno stato di abbandono: molti edifici del chiostro sono crollati e le pietre vengono reimpiegate nella costruzione del borgo di Castelnuovo dell’Abate. Solo nel 1870 inizia una lunga campagna di restauri guidata dall’architetto Giuseppe Partini che riporta la chiesa all’aspetto attuale.