La chiesa, alla quale si accede attraverso un semplice portale, si presenta a navata unica con pianta a croce latina e con la zona presbiteriale rialzata. Al di sotto del presbiterio si apre la cripta romanica suddivisa in cinque piccole navate da una serie di colonne. La copertura, in parte crollata o forse mai ultimata, è caratterizzata da due archi. Della struttura romanica restano invece le mura perimetrali, l'abside primitiva semicircolare e la cripta della seconda metà dell' XI secolo. La nuova chiesa abbaziale, costruita con l'asse centrale perpendicolare alla precedente, raggiunse il massimo del prestigio nel XIII secolo, quando erano alle sue dipendenze chiese, ospedali e piccole cappelle sparse in tutto il territorio circostante. Nel 1260 l'abbazia passò ai monaci cistercensi. Sul finire del XIII secolo divenne spesso rifugio dei gruppi di fuoriusciti banditi dalla città di Assisi nelle frequenti lotte tra famiglie rivali. Nel 1391 venne conquistata dall'esercito perugino e nel 1339 gli Assisani ne distrussero gli apparati difensivi per evitare che i fuorusciti si impadronissero stabilmente del complesso. Nel 1860, con la soppressione degli enti ecclesiastici, venne venduta a privati. Solo nel 1945 i benedettini di San Pietro di Assisi hanno ripreso possesso dell'abbazia ed hanno iniziato un lungo lavoro di restauro durato circa un ventennio. L'aspetto attuale del complesso è caratterizzato da edifici in parte restaurati in parte allo stato di rudere.