Il Monastero di Morimondo, nome che significa “morire al mondo”, cioè "vivere da risorti", venne fondato nel 1134 a Coronate, località ancora esistente a circa un chilometro dall'abbazia, dai monaci provenienti dal monastero cistercense di Morimond in Francia.
Nel 1136 essi si trasferirono in località “Campo Falcherio”, l’attuale sede.
In poco tempo il monastero acquistò importanza e accolse numerose vocazioni provenienti da tutte le classi sociali.
Un segno notevole ed eloquente della ricchezza di vocazioni é testimoniato dalla fiorente attività dello scriptorium. Anche dal punto di vista agricolo ci fu una notevole espansione con gran numero di grange, oratori e mulini dislocati su un territorio di circa 3.200 ettari nel XIII secolo, di cui due terzi erano campi coltivati e un terzo boschi.
Purtroppo la laboriosità e la pax monastica furono disturbate dagli eventi bellici del tempo. L'abbazia, infatti, era stata fondata al confine tra Pavia e Milano, città che continuamente si contendevano il dominio politico e militare con saccheggi e sconfinamenti al di qua e al di là del Ticino. Con la venuta di Federico Barbarossa in Italia, Morimondo venne sconvolta con un primo saccheggio da parte delle truppe tedesche nel 1161.
La costruzione della chiesa abbaziale, ostacolata anche da una disputa di giurisdizione ecclesiastica con la vicina pieve di Casorate Primo, potè iniziare solo nel 1182.
Nel 1237 i lavori furono interrotti da un terribile saccheggio avvenuto nella notte del 3 dicembre a opera delle truppe pavesi, che devastarono il cenobio e uccisero molti monaci. Il monastero contava 50 monaci coristi e 200 conversi. Da allora la comunità non si rialzò più e il termine dei lavori dell'abbazia si ebbe solo nel 1296.
Il tredicesimo secolo, col sorgere dei nuovi ordini mendicanti, portò a Morimondo, come in tutto l'ordine dei Cistercensi, un calo delle vocazioni monastiche.
Nel 1450 Morimondo divenne commenda e il suo primo abate commendatario fu il cardinale Giovanni Visconti, arcivescovo di Milano; ma provvidenzialmente Morimondo ebbe la sua rinascita spirituale grazie al figlio di Lorenzo il Magnifico, il cardinale Giovanni de' Medici , futuro papa Leone X.
Segno di questa ripresa sono le opere di arte e di devozione come la ricostruzione del chiostro intorno all’anno 1500, il rifacimento del portale della sacrestia, l'affresco della "Madonna col Bambino" attribuito al Luini del 1515 e infine il coro ligneo del 1522.
Nel 1564 San Carlo Borromeo, per aiutare economicamente l'Ospedale Maggiore di Milano, spogliò l’abbazia di Morimondo dei propri terreni; contemporaneamente la eresse a parrocchia, dandole il titolo di Santa Maria Nascente.
Il Seicento vide nell'abate Antonio Libanorio (1648-1652) l'apice di una nuova ripresa della comunità monastica.
Nel Settecento vennero edificati i palazzi che s’innalzano sopra i lati ovest e nord del chiostro.
Il 31 maggio 1798, a seguito della rivoluzione francese, fu decretata la soppressione di tutti gli ordini monastici e quindi anche della comunità cistercense di Morimondo.
Dal 1805 al 1950 la vita religiosa venne animata da sacerdoti ambrosiani. Nel 1941 l’arcivescovo di Milano, il beato cardinale Ildefonso Schuster, in visita pastorale all'abbazia, constatatone lo stato di abbandono, volle riportare nel cenobio la vita religiosa.
Prima vennero contattati i Trappisti delle Tre Fontane a Roma e in seguito, nel 1950, la Congregazione degli Oblati di Maria Vergine si stabilì nel monastero.
Nel 1991 il cardinale Carlo Maria Martini affida alla Congregazione dei Servi del Cuore Immacolato di Maria la cura pastorale della parrocchia con un nuovo invito a rilanciare l'abbazia di Morimondo come centro di spiritualità e di iniziative pastorali.
Con la costituzione della Fondazione Abbatia Sancte Marie de Morimundo, nel 1993 si assiste a un rilancio di Morimondo con la valorizzazione del patrimonio spirituale e culturale dell'abbazia e del monachesimo di Cîteaux in generale.