Negli ultimi anni del secolo XVIII l'aristocrazia lombarda aveva già scoperto il Lago Maggiore come luogo di villeggiatura lontano dalla confusione delle città, in un ambiente celebrato per la sua bellezza dai primi grandi viaggiatori romantici.
La villa dei conti Stampa, ricca famiglia milanese che aveva ottenuto il suo titolo nel 1787, sorgeva proprio al limite settentrionale del vecchio centro abitato, affacciata direttamente sul lago, proprio ai piedi della collina coperta di frutteti, vigne e uliveti.
Poco dopo il suo completamento la costruzione dello stradone, la strada napoleonica oggi diventata la statale del Sempione, provocò la demolizione quasi totale delle ali laterali, portando la facciata neoclassica dell'edificio principale quasi a filo della strada.
Al di là di essa, e al di sotto del suo livello, rimase la darsena privata, ricordo dei tempi in cui il lago era normale via d'accesso.
Oggi l'edificio è quasi invariato nell'aspetto esterno, ma la sua posizione attuale piuttosto scomoda, tra la strada, la ferrovia e la parte più vecchia del centro abitato, ha impedito che continuasse ad essere una dimora signorile, a differenza di altre ville più tarde che, magnificamente isolate nei loro parchi, hanno conservato il proprio rango patrizio.
Attualmente ospita appartamenti, uffici e la sede locale della Banca Popolare di Novara, mentre gli ambienti interni, dove non sono stati radicalmente ristrutturati, hanno conservato la struttura originale, ma appaiono più trascurati degli esterni.
Dietro l'edificio principale, in quella che un tempo era l'abitazione del fattore, è stata allestita una Sala Manzoniana che contiene vari cimeli e ricordi, oltre alla ricostruzione con gli arredi originali dello studio di Giulio Carcano, uomo politico, drammaturgo e traduttore di Shakespeare, amico e vicino di casa dei Manzoni, frequentatore abituale di Villa Stampa.
Manzoni villeggiò più volte nella villa del figliastro Stefano Stampa, pittore allievo di D'Azeglio e Hayez, a partire dal 1839 e vi rimase a lungo tra il 1848 e il 1850, in un periodo durante il quale avrebbe potuto essergli pericoloso rientrare a Milano sotto il governo asburgico.