L'Accademia Filarmonica di Bologna venne fondata nel 1666 dal nobile Vincenzo Maria Carrati, con sede nel palazzo di famiglia, nell'attuale via Guerrazzi 13. Lo scopo fu quello di radunare musicisti professionisti. Unitate melos è il motto coniato fin dalla fondazione, che oggi gli accademici amano interpretare come musica nella condivisione, a sottolineare che tutte le attività sono realizzate grazie a preziose sinergie con diverse realtà musicali, culturali e formative del territorio.
Nel corso della sua storia plurisecolare, l'Accademia rappresentò sempre un punto di riferimento nella vita culturale bolognese fino a divenire, nella seconda metà del Settecento, una delle istituzioni più alte della cultura musicale europea, attraverso la guida di Padre Martini. Anche grazie al suo apporto, la fama dell'Accademia si allargò ben oltre i confini cittadini e nazionali ed il numero di aspiranti al grado di Maestro compositore, titolo che l'istituzione bolognese poteva rilasciare al pari della romana Accademia di Santa Cecilia, crebbe notevolmente. Anche il giovane Mozart cercò l'ambita patente accademica: accompagnato dal padre Leopold, giunse a Bologna nel 1770, ospite del conte Gian Luca Pallavicini, per addestrarsi sotto la guida di Padre Martini nella composizione contrappuntistica. Mozart ottenne il diploma di Maestro compositore il 9 ottobre 1770. La composizione autografa del giovane Amadeus conservata nell'archivio storico dell'Accademia è la seconda versione del compito: la prima, considerata non confacente alle regole, fu ampiamente riveduta da padre Martini, ed è tale versione che poi Mozart ricopiò e consegnò. A Mozart l'Accademia, nel 1884, intitolò l'attuale sala dei concerti. Dopo l'unità d'Italia, l'Accademia ottenne l'approvazione degli attuali statuti come Regia Accademia Filarmonica (6 novembre 1880). Durante l'Ottocento l'istituzione accentuò i suoi caratteri di sodalizio onorifico aggregando artisti di chiara fama del mondo musicale internazionale: Rossini, Verdi, Wagner, Liszt, Boito, Puccini, Brahms ... Tale pratica continuò anche nel Novecento, fino ai giorni nostri, con aggregazioni onorarie conferite a musicisti come Claudio Abbado, Sergiu Celibidache, Carlo Maria Giulini, Riccardo Muti... a musicologi come Nino Pirrotta, nonchè a benemeriti nel campo dell'organizzazione artistica come Carlo Maria Badini, Jack Lang, Fabio Roversi-Monaco e Marco Cammelli.
Negli ultimi anni l'Accademia, grazie soprattutto al sostegno della Fondazione Cassa di Risparmio in Bologna, ha attivato un'ampia serie di iniziative culturali di vasta portata, la più rilevante delle quali è rappresentata dall'Orchestra Mozart, una delle compagini più prestigiose del panorama internazionale, guidata da Claudio Abbado.
L'Accademia rivolge inoltre molta attenzione all'ambito della ricerca, con diversi convegni e giornate di studio organizzati ogni anno, e alla valorizzazione e recupero del proprio inestimabile patrimonio archivistico e librario, custodito nell'Archivio storico e nella Biblioteca dell'Accademia, che comprendono anche un'ampia sezione espositiva, con strumenti antichi e cimeli appartenuti a grandi musicisti del passato. Oltre al compito di Mozart, nell'Archivio storico sono conservati numerosi autografi musicali importanti, fra cui quello della Cenerentola di Rossini, e pagine preziose di autori quali Liszt, Beethoven, Salieri, Bellini, Wagner, Verdi, Puccini.