Frate Francesco d’Assisi nella primavera del 1220 ritorna dall’oriente. Si era recato presso i “Saraceni”, a Damietta, là dove i Crociati tentavano con le armi di vincere le resistenze nemiche e conquistare la Terra Santa. aveva incontrato pacificamente – nel dialogo – il Sultano d’Egitto Malek-el-Kamel, suscitando sentimenti di amicizia e di ammirazione. Tornato con una nave veneziana, probabilmente giunge a torcello, centro storico di rilievo e sede del Vescovo. In Italia Francesco dovrà affrontare gravi problemi creati dalle numerosissime persone che desiderano seguirlo sulla strada del Vangelo, ma prendendo orientamenti diversi; pertanto egli cerca un luogo tranquillo dove fermarsi nel silenzio a pregare e riflettere. Arrivato su una piccola isola che è proprietà del nobile veneziano Jacopo Michiel, è accolto dal canto di una moltitudine di uccelli; lo racconta il suo biografo san Bonaventura da Bagnoregio. Si deduce che l’isola fosse quella che ora si chiama “San Francesco del Deserto” dal fatto che nel 1233 (appena 5 anni dopo la canonizzazione di frate Francesco d’Assisi), Jacopo Michiel – di famiglia dogale – dona l'isola ai frati minori, affermando che su di essa è già stata edificata una chiesetta dedicata a san Francesco. Gli scavi archeologici eseguiti in diverse epoche, soprattutto negli anni 1961-1965, hanno portato alla luce conferme di rilievo di quanto era stato da sempre tramandato. Dal sottosuolo dell’isola sono emerse anche tracce di una frequentazione romana, con reperti del primo, quarto e quinto secolo d.C. Il nome del luogo risale al ‘400, quando l’isola di san Francesco per alcuni anni rimase abbandonata – deserta – a causa della insalubrità della laguna. Il fascino dell’isola ha ispirato lungo i secoli artisti e poeti.