I ruderi della chiesa medievale di Sant'Apollinare costituiscono una testimonianza dell'eccezionale ricchezza di segni, stratificatisi l'uno sull'altro nel corso dei secoli, presenti nel territorio di Rutigliano. L'edificio risulta di difficile datazione anche se la sua tipologia, ad aula unica con cupole in asse e nicchiette laterali, abbastanza diffusa in ambito pugliese e mediterraneo nel periodo pre - romanico, consente di datare l'organismo architettonico in un periodo compreso tra il X e l'XI secolo. E' probabile che si tratti del più antico esempio pugliese di chiesa a cupole in asse, probabilmente contestuale al tempietto di Seppanibale in agro di Fasano, datato al X secolo sulla scorta degli affreschi ancora superstiti. I numerosissimi ritrovamenti archeologici compiuti nell'area di Sant'Apollinare, e nelle immediate vicinanze (contrada Purgatorio), consentono inoltre di attestare la presenza di un insediamento nell'area della chiesa in un periodo compreso tra il VI secolo a.C. e il X-XI secolo, insediamento di cui il rudere di Sant'Apollinare testimonierebbe soltanto l'ultima fase.