Nata, secondo la leggenda, grazie all'eroe Ercole, fu scalo commerciale per i greci, subì poi l'influenza Etrusca nel V secolo, e, più tardi quella dei Volsci.Ottenne la cittadinanza Romana "sine suffragio" nel 338, e poi quella piena nel 188 ac. Ridotta più volte in miseria a causa delle invasioni barbariche prima, e dagli assalti Saraceni poi, Fondi raggiunse la stabilità e il suo massimo splendore sotto la signoria Caetani (1299 - 1504).
Nel 1387 fu teatro dello Scisma d'occidente con l'elezione, nella cattedrale di S.Pietro di Fondi, dell'antipapa Clemente VII opposto al legittimo papa Urbano VI.
Alla fine del secolo la corte fu assgnata dal re francese Carlo VIII a Prospero Colonna il cui figlio Vespasiano, sposò in seconde nozze la giovane Giulia Gonzaga, fanciulla di straordinaria bellezza e acuta intelligenza che seppe donare a Fondi un periodo di splendore e rinascita culturale nonostante la precoce scomparsa del marito.
La fama della sua bellezza e cultura fece accorrere a Fondi non solo artisti e illustri personaggi, ma anche il famigerato corsaro Kair-Ed-Din detto Barbarossa, che nel 1534 assalì la città per rapire la bella Giulia Gonzaga e donarla al Sultano Solimano II. Quella però avvertita in tempo riuscì a sfuggire al corsaro che sfogò su Fondi la sua rabbia saccheggiandola e incendiandola.
Solo nel 1806, con l'abolizione della fedualità, Fondi entrò nel nuovo ordinamento comunale e attraverso il risorgimento diede il via a quel progresso che la rende oggi uno dei più fiorenti centri della provincia di Latina.