Il Museo diocesano nasce dal Museo della cattedrale, fondato nel 1941 dal vescovo mons.Giuseppe Placido Nicolini per conservare le opere più importanti provenienti dalla Cattedrale e da alcuni oratori delle Confraternite assisane. La sede originaria, cui si accedeva dall'interno della cattedrale, era situata al piano terreno della casa parrocchiale e costituita da quattro sale con annesso archivio storico.