Il Museo, che ha sede nel quattrocentesco Palazzo Ghisilardi-Fava, espone principalmente testimonianze del Medioevo bolognese: si tratta di una raccolta di manufatti ad ampio spettro sia temporale che tematico in cui spicca come elemnto caratterizzante l'intera raccolta la statua di Papa Bonifacio VIII. Molto interessanti sono anche i rilievi lapidari che illustrano le antiche lezioni dell'Università, pregevoli opere di arte sacra e una notevole collezione d'armi.