Il grande complesso architettonico di Rovereto, inaugurato il 15 dicembre 2002, è stato progettato dall’architetto ticinese Mario Botta, in collaborazione con l’ingegnere roveretano Giulio Andreolli. Il nucleo principale del Mart sorge dietro il nobile palazzo dell'Annona, oggi sede della biblioteca civica, e palazzo Alberti. Lo spazio che separa i due palazzi è stato trasformato in un largo corridoio d'accesso ad una piazza circolare, coperta da una cupola di vetro e acciaio, dalla quale il visitatore accede al Museo. La struttura del museo si articola su quattro piani. All’ingresso si trovano la reception, l’area informativa, il book-shop, la caffetteria, la sala conferenze ed il guardaroba. Dal piano terra il visitatore può accedere al piano interrato, dove sono collocati l’Archivio del ‘900 e la Biblioteca. Al primo piano si trovano le aree dedicate all’attività espositiva temporanea, la sezione didattica, gli uffici. Al secondo piano, una passerella di vetro e acciaio conduce ad un’area di circa 3800 mq che ospita a rotazione una selezione delle opere della collezione permanente, sempre con nuovi allestimenti, e la grande mostra annuale solitamente nel periodo dicembre-maggio dedicata a temi originali e innovativi.