La splendida chiesa di San Francesco d’Assisi e il complesso conventuale annesso, nella loro secolare esistenza, costituiscono un unicum storico-artistico all’interno della città di Brescia. La presenza francescana in quest’ultima è da far risalire al XIII secolo quando, secondo la tradizione, lo stesso Poverello d’Assisi, di ritorno con San Domenico dal loro incontro avvenuto a Bergamo, avrebbe soggiornato per alcuni giorni in città, precisamente presso la chiesa di San Giorgio. Tommaso da Celano, nella sua biografia di san Francesco così testimonia la presenza francescana nella città lombarda: “mentre Francesco si trovava a Siena, nell’inverno o nella primavera del 1226, giunse colà un frate da Brescia” (FF. 721) L’arrivo dei primi frati francescani venne favorito dal vescovo Alberto da Reggio. Il primo gruppo di questi si stabilì inizialmente presso la chiesa di San Giorgio per poi spostarsi nel luogo dove attualmente è ubicato il complesso, quando il Comune decise di costruire per la comunità un nuovo convento. Nel 1248 i conflitti interni tra le fazioni dei Guelfi e dei Ghibellini portarono i frati minori a interessarsi della situazione e a cercare di riportare la pace nelle mura cittadine. La popolazione stessa fece voto al Santo d’Assisi di costruire una chiesa in Suo onore affinché terminassero tali rivalità. Conclusesi quest’ultime con la rappacificazione, si procedette all’innalzamento del nuovo tempio e del convento annesso tra il 1254 e il 1265. Il complesso costituisce così la più importante costruzione religiosa francescana risalente al XIII secolo, tra l’altro, giunta pressoché intatta fino ai nostri giorni. Inoltre, è da considerarsi probabilmente la prima chiesa edificata dai francescani in Lombardia. Il probabile architetto viene individuato in Marco da Brescia anche se, secondo una tesi proposta da Valentino Volta, gli ideatori del complesso potrebbero essere stati dei frati lombardi condotti dall’imperatore Federico II, come prigionieri, nella città di Palermo dove è presenta un’omonima chiesa che presenta delle caratteristiche molto simili a quella bresciana. Nel 1239, una volta espulsi dalla Sicilia, sarebbero rientrati in città.