Fu l'eremita Pietro Angeleri, divenuto papa con il nome di Celestino V, il fondatore dell'edificio religioso; l'anacoreta nativo di Isernia nel 1241 fece portare a termine ai piedi del Monte Morrone l'ampliamento di una cappella intitolata a Santa Maria del Morrone, promuovendo in seguito la costruzione di una chiesa dedicata allo Spirito Santo. La chiesa fu dotata di un convento dove nel 1293 si ebbe la proclamazione ufficiale dell'edificio come sede dell'Abate Supremo dell' Ordine dei Celestini.