La chiesa della confraternita di San Sebastiano sorgeva un tempo alle pendici del colle che occupa attualmente l’abitato di Buscemi, alle sue estreme propaggini. A seguito dei danni provocati dal sisma del 9 e 11 gennaio 1693 l’edificio si rese tanto impraticabile da giustificare il suo trasferimento nel nuovo impianto urbanistico che andava formandosi durante il 1700, impostando la struttura lungo l’asse nord-sud nell’ambito del tracciato viario che sarebbe diventato Corso Vittorio Emanuele.