Già dal 1376 questo bagno è presente in un regesto della Repubblica di Lucca e ancora nel 1442 il Consiglio degli Anziani nomina tre consiglieri della Corte dei Mercanti per l’esecuzione di lavori urgenti; il mercante Domenico Bertini viene nominato dalla Repubblica di Lucca Commissario ai Bagni Termali.
In breve egli risistemò l’intera area e fece costruire un edificio, i cui lavori furono ultimati nel 1471. Lo stabilimento come ci appare oggi con le torrette cuspidate risale al secolo XVII. Nell’estate del 1581 il pensatore francese Michel de Montaigne arriva a Bagni di Lucca per curare la sua calcolosi renale e si stabilisce nella casa Bujamonti dove oggi una lapide ricorda il soggiorno dell’illustre filosofo. Due erano all’epoca le vasche: una per gli uomini ed una per le donne, inoltre vi era un locale per le docce.
Nel 1669 per l’arrivo della Granduchessa Vittoria Della Rovere il bagno venne restaurato e qui nel 1790 furono ospiti Ferdinando d’Austria e la sua sposa Maria Beatrice d’Este, principessa di Massa. In questa occasione vennero abbelliti un paio di bagni che presero il nome di Bagno del principe e Bagno della principessa.
Gli altri bagni erano: il bagno dei Padri Riformati, il bagno Dante, il bagno dei Servitori, il bagnetto piccolo. Durante il periodo Baciocchiano vennero rivestite le pareti degli interni di marmo e nel 1859 il vestibolo fu chiuso dalla cancellata di ferro visibile ancora oggi.
L’acqua del Bagno alla Villa venne utilizzato da molti nella storia, fra gli altri sappiamo che Ludovico Ariosto venne esortato da Alfonso I di Ferrara a portargliene qualche soma.
Sappiamo che l’acqua veniva addirittura contraffatta tanto era famosa fino al 1787 quando il governò emanò un regolamento per l’emungimento delle acque del bagno. L’acqua del Bagno alla Villa che sgorga ad una temperatura di 39° C, fu esportata per tutto il secolo XVIII. Fino agli anni 50-60 il Bagno alla Villa fu usato come bagno pubblico dalla popolazione del luogo. Attualmente sono in corso lavori di restauro per questo piccolo gioiello che conferisce con le sue torrette alla piazzetta del bagno, pressoché immutata, un’atmosfera fuori dal tempo. Al Bagno alla Villa sorsero negli anni le più importanti dimore dell’aristocrazia lucchese che tutt’oggi convivono, come allora, con le abitazioni degli abitanti del posto. La borgata rappresenta la storicizzata tradizione di luogo residenziale privilegiato.