La stazione venne costruita nell'ambito del programma di costruzioni ferroviarie in Sicilia intrapreso dalla Società Vittorio Emanuele. Era infatti parte del progetto per connettere mediante la strada ferrata l'estremo lembo nord della Sicilia e il porto di Messina alle zone produttive della costa orientale jonica. Venne inaugurata il 12 dicembre 1866. La stazione di Taormina-Giardini consiste di un pregevole fabbricato, di forma classica ferroviaria, in stile liberty, con un corpo centrale elevato a due piani, affiancato da due corpi laterali allungati. Le sale interne sono arredate con mobili in legno scuro in stile Ottocentesco e le pareti e i soffitti sono decorati con affreschi e decorazioni a rilievo. La stazione è posta quasi a metà percorso tra Messina e Catania, sul tratto ancora a semplice binario dell'importante collegamento ferroviario della regione.