I lavori di costruzione della nuova Stazione Meridionale iniziarono nel 1875 ed il progetto dell’edificio fu affidato all’architetto tedesco Wilhelm Gustav Heinrich von Flattich. L’edificio fu definitivamente completato nel 1888.
Dalla Stazione Meridionale ebbe inizio a partire dall'estate del 1914 l'inedito percorso di guerra di tanti giovani triestini per il fronte balcanico.