Si tratta di un piccolo sito archeologico di notevole importanza dal punto di vista storico in quanto la Basilica di San Miceli, all'interno del sito, rappresenta lunico esempio di Basilica paleocristiana rinvenuto nella Sicilia Occidentale.
Nel maggio del 1893 il rinvenimento di una moneta doro e la speranza di trovare tesori diedero l'avvio a scavi tumultuosi e distruttivi che pregiudicarono i resti di una basilica paleocristiana dai pavimenti a mosaico, e violarono parecchi sepolcri. Il 20 agosto dello stesso anno l'archeologo Antonino Salinas recatosi sul luogo poté constatare la presenza di antichi mosaici pertinenti ad un piccolo edificio basilicale insieme ad altri resti di strutture e di un sepolcreto. Egli avviò dal 23 settembre al 2 novembre una serie di saggi che confermarono lavanzo di una chiesetta cristiana dei primi secoli, disposta esattamente da levante a ponente e di alcune tombe. Ma la notazione più interessante riguarda la scoperta di tre pavimenti musivi sovrapposti relativi a tre diverse fasi di vita dell'edificio.
Le ricerche del Salinas permisero di portare alla luce tre strati di mosaici: il mosaico A, il più recente, quello B, l'intermedio, e al di sotto di esso, nella zona occidentale della basilica, tracce di un terzo mosaico geometrico con tessere rozze e mal connesse, denominato pavimento C. La presenza del latino, il cui uso divenne più frequente sotto il pontificato di Gregorio Magno (590-604 d.C.), ha indotto gli studiosi ad attribuire la pavimentazione musiva della fase più recente al VI sec. d.C. e la precedente, dove prevalgono le iscrizioni in greco, al V sec. d.C.
L'edificio, di proporzioni modeste, era diviso in tre navate da una doppia fila di cinque pilastri o colonne, oggi del tutto perdute. Riguardo alle strutture secondarie, essa era costituita da un nartex situato davanti all'ingresso principale, che era ad Est, e da una protesis e un diaconicon posti accanto ad una piccola abside centrale posta ad ovest (questi ultimi concludevano le navate laterali che dovevano avere la stessa altezza della navata centrale).
La basilica di Salemi è l'unico schema architettonico del tipo basilica cimiteriale a tre navate, che risale al IV secolo nella Sicilia Occidentale. Per ritrovare uno schema architettonico simile ad esso bisogna spostarsi nella Sicilia Orientale.
Dal giornale di scavo e dall'esigua documentazione fotografica e grafica rimasta, risulta evidente la presenza, intorno alla basilica, di numerose abitazioni, di cui si erano conservate strutture murarie e pavimenti in cocciopesto o mosaico. Non è chiaro in che rapporto stessero questi edifici con il sepolcreto sul quale sembra sia sorta la piccola basilica, la quale, a sua volta, accoglieva all'interno delle tombe.
Tra le sepolture, alcune dovevano appartenere di certo a famiglie facoltose, da quanto si evince dalla descrizione dei corredi, tra cui spiccano preziosi monili in oro. Dalla necropoli di S. Miceli provengono, infatti, anelli dargento a fascetta, anelli di bronzo e ferro, vaghi di collana in pasta vitrea e di corniola, vari orecchini doro e dargento ad anello semplici o decorati con cerchietti saldati e anche un orecchino aureo a cestello con pendente ad anforetta, datato alla seconda metà del VI secolo.