Nel cinquecentesco palazzo Affaitati ha sede la Pinacoteca del Museo Civico "Ala Ponzone". Costituitasi nel corso dei secoli a partire dal Cinquecento, principalmente con le raccolte della famiglia Ponzone, legata ad uso pubblico col testamento del marchese Giuseppe Sigismondo Ala Ponzone nel 1842, ed ampliata con le opere provenienti da alcune soppresse chiese cremonesi, la raccolta di dipinti e sculture assomma oggi a più di duemila pezzi, solo in parte esposti nelle sale del Museo. La sezione dedicata al Medio Evo e al Quattrocento, con sculture, affreschi strappati, tavolette da soffitto e una ampia selezione della produzione legata alle opere dei Bembo, è allestita nella prima sala. La Galleria della pittura cremonese del Cinquecento offre una completa antologia dei pittori che documentano il passaggio dalla tradizione quattrocentesca alla maniera moderna (Boccaccino, Pedro Fernandez, Aleni e Galeazzo Campi) e l'affermazione della nuova sensibilità rinascimentale attraverso le opere di Camillo Boccaccino, di Gian Francesco Bembo e dei Campi, anticipatori della sensibilità naturalistica che approderà a Caravaggio, qui illustrato dal celebre San Francesco in meditazione. La Sala di San Domenico ospita una serie di opere provenienti dalla demolita chiesa dei frati predicatori e mostra gli apporti milanesi nella cultura locale del Seicento (Cerano, Nuvolone, Procaccini). Le sale successive sono dedicate alla natura morta cremonese (in questa sala, tra l'altro, è esposto il celebre dipinto di Giuseppe Arcimboldi "L'ortolano"), ai ritratti di casa Ponzone e alle testimonianze della pittura dei secoli XVII (Genovesino), XVIII e XIX con l'affermazione del Neoclassicismo (Diotti) e del Romanticismo (Piccio). Le ultime due sale accolgono una selezione di arti applicate (porcellane orientali, ceramiche e maioliche lombarde ed europee, avori, smalti). Al secondo piano vi ha sede la sezione dedicata all'iconografia di Cremona, con opere legate alla storia della città e alla sua rappresentazione pittorica. Le successive sale del piano offrono una panoramica della pittura lombarda e cremonese del secondo Ottocento (Gorra, Colombi Borde) e del Novecento (Vittori, Rizzi). Al terzo piano è il Gabinetto dei Disegni e delle Stampe: vi ha sede la collezione grafica delle Raccolte museali, che assomma a circa duemila disegni e quattromila stampe. Il Gabinetto possiede uno spazio espositivo e alcune stanze per la consultazione del materiale. E' con l'anno 1893 che inizia la storia del Museo Stradivariano, in quell'anno veniva accettata dalla città di Cremona la donazione di Giovanni Battista Cerani, consistente in forme, modelli, e attrezzi vari appartenuti a liutai cremonesi, alcuni dei quali ad Antonio Stradivari. Nel 1895 Pietro Grulli contribuì ad incrementare la prima donazione aggiungendo quattro morse a vite in legno di origine stradivariana. Ma ciò che costituisce la parte più significativa del Museo è quanto rappresentato dai reperti provenienti dalla collezione di Ignazio Alessandro Cozio conte di Salabue. Nato nel 1755, egli viene considerato il primo grande studioso di liuteria. Con l'acquisto di quanto era rimasto del laboratorio di Stradivari, Alessandro Cozio potè alimentare il grande interessa che aveva sempre dimostrato per questioni di carattere liutario e divenne ben presto un personaggio di rara competenza in questa disciplina. La collezione Salabue, costituita da forme in legno, modelli in carta e attrezzi vari, che venivano impiegati per la costruzione di violini, viole, violoncelli e altri strumenti ancora, dopo numerose vicissitudini fu venduta nel 1920 dall'ultima erede di Cozio, la marchesa Paola Dalla Valle del Pomaro, al liutaio bolognese Giuseppe Fiorini, per la cifra di centomila lire.