La villa è stata la residenza principale della famiglia Manzoni per quasi due secoli. Dalle stanze della villa il giovane Alessandro poteva godere lo splendido paesaggio che spaziava dal lago alle creste del monte Resegone: è proprio da questi ricordi visivi che scaturì l'ispirazione e la modalità descrittiva del celebre inizio dei Promessi Sposi "Quel ramo del lago di Como …"
La villa presenta una struttura tipicamente neoclassica, sobriamente elegante, con una facciata scandita da modanature in arenaria. Al suo interno, le sale conservano parte dell'arredo originario e numerose edizioni della vasta opera letteraria di Alessandro Manzoni. La facciata posteriore della villa si affaccia su un ampio parco con alberi secolari.
Ancora oggi nelle sale del Museo Manzoniano si vive una suggestiva atmosfera di casa-museo, di dimora aristocratica ottocentesca. A Villa Manzoni hanno sede anche la Galleria Comunale d'Arte, la Sezione Separata d'Archivio, la Fototeca e la Biblioteca specializzata una sala per esposizioni temporanee nelle antiche scuderie, oltre agli uffici della Direzione dei Musei Civici.